Foi criado por iniciativa de professores do então Departamento de Antropologia e Sociologia (DAS) da UFG, vinculado ao antigo Instituto de Ciências Humanas e Letras (ICHL), atual FCHF, a partir da realização de uma pesquisa no Parque Indígena do Xingu. Participaram dessa viagem de estudos os professores Acary de Passos Oliveira, Vivaldo Vieira da Silva, Antônio Theodoro da Silva Neiva, já falecidos, e o Pe. José Pereira de Maria, atualmente professor aposentado pela UFG.
O acervo da primeira coleção etnográfica do Museu decorre dessa viagem. Em relatório de estudos remetido à Profa. Lena Castelo Branco, na ocasião diretora do ICHL, o grupo de professores sugere um plano de pesquisa com o objetivo de estudar as populações do Xingu e criar um museu antropológico na UFG. Esse espaço cultural foi proposto para salvaguardar a cultura material indígena da Região Centro-Oeste do Brasil. Com essa perspectiva, o Museu Antropológico da UFG foi criado em junho de 1969, sendo inaugurado em 5 de setembro de 1970.

Trajetória:

1969 – quando da sua criação, o Museu se vinculou ao Departamento de Antropologia e Sociologia do Instituto de Ciências Humanas e Letras/UFG.

1971 – o Museu passou a ser subordinado administrativamente à Reitoria, conservando o seu vínculo pedagógico com o Departamento de Antropologia e Sociologia do Instituto de Ciências Humanas e Letras (Portaria 464/71, de 24 de março de 1971). Nesse mesmo ano foram iniciadas as discussões com o propósito de dotar o Órgão de um Regimento próprio.

1972 – o Museu foi destacado no Regimento Geral da UFG, com finalidades ligadas ao ensino, à pesquisa e à extensão, subordinado à Primeira Sub-Reitoria.

1974 – o Museu foi regulamentado, e permaneceu vinculado à Primeira Sub-Reitoria. Nessa ocasião, foram definidas, no Regimento da Reitoria, sua estrutura, finalidades e competência.

1978 – oficialmente, apareceu a denominação Museu Antropológico (MA), com as funções de diretor e de chefes dos três setores do Órgão (Estudos e Pesquisas; Conservação, Expedição e Documentação; e Promoção e Divulgação) na tabela de Funções Gratificadas do Quadro Permanente da UFG (D.O.U., 18-1-1978).

1981 – o Conselho Federal de Educação (Parecer n. 655, 29-12-1981), aprovou modificações no Estatuto da UFG, dentre elas a estruturação do Museu Antropológico como Órgão Suplementar, vinculado à Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação.

1982 – o Museu se consolidou como Órgão subordinado à Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, a partir da publicação do Organograma da Instituição (Boletim Estatístico n. 14/UFG).

1985 – o Regimento Interno do Museu Antropológico foi elaborado.

1987 – o Regimento Interno do Museu Antropológico – universitário e antropológico – foi aprovado pelo Egrégio Conselho Universitário (8-5-1987).